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大鼠转录组数据库

发布时间: 2015-04-25 19:31

  大鼠(Rattus norvegicus)是一种广泛应用于生理学、药理学、毒理学及疾病治疗等研究领域的重要模式生物。尤其是在复杂疾病如心血管疾病和精神病研究中,由于大鼠与人类在生理、病理和行为等方面的高度相似,使得大鼠模型研究显得更加重要。RNA测序技术是一种利用高通量序列测定来快速鉴定和定量分析功能基因的方法。运用RNA测序技术,绘制出大鼠整个生命周期以及两性之间的基因表达差异变化图谱,为大鼠模型在多学科研究中的应用奠定基础。
                
     图1. 大鼠组织样本来源                             图2. 大鼠基因表达图谱

  本数据库涵盖2周(幼年)、6周(青春期)、21周(成年)及104周(老年)的32只F344大鼠(雌雄各半)各10种器官共计320个样本的转录组深度测序结果。基于AceView数据库所注释的功能基因,绘制出大鼠40,064个基因和65,167个转录本的表达图谱,其中包括31,909个选择性剪接转录变异体和2,367个非编码基因,是迄今为止最完整的大鼠转录组图谱。通过该转录组图谱的比较,我们发现大鼠不同器官间基因表达水平差异显著,大量的转录本显示出器官特异性、年龄依赖性或性别特异性的表达模式。该大鼠BodyMap数据库为广大科研工作者更好地利用大鼠模型开展生物医学研究提供了一个重要平台,可以获得大鼠周龄、性别、组织器官相关的基因表达数据,有助于科学家根据特定的基因差异,深入研究疾病的易感性、药物的疗效与毒性机制。

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