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生物大数据分析

发布时间: 2015-05-10 15:25

联系方式:
所属单位:复旦大学
所属部门:生命科学学院
负责人:田卫东
联系电话:021-51630723
邮箱:weidong.tian@fudan.edu.cn
网络连接地址:http://snp.tianlab.cn/
联系地址:上海市淞沪路2005号生科院G609

资源,数据,特色服务介绍:
Human SNP Query Database整合dbSNP、Hapmap、1000Genome等多个突变位点数据库,以及dbGAP、HuGe和DrugBank等突变、性状、基因两两之间相互关联的数据库,对用户提供置信度高、内容详尽和个性化的SNP数据分析服务。对于提交的SNP数据,该服务会指明其中潜在的可能影响性状表型、药物抗性和带来疾病风险的位点,并给出详细的数据库或是研究文献来源。而对于所提交数据中新发现的突变位点,该服务还会提供个性化的预测分析,例如这些位点对基因在表达水平或是蛋白质序列上影响、受影响的基因所关联的药物抗性和疾病风险、以及其中每个基因的功能注释。
LEGO是实验室自主开发的生物通路富集分析服务,并提供了交互式的在线分析。用户提供需要进行分析的基因列表,该服务将反馈回其中显著富集的生物通路并给出每一个基因在各个通路中的权重和相互关联。所纳入分析的生物通路包括Gene Ontology、MsigDB、KEGG、Reactome、plantGSEA等各个层次的注释数据,涵盖了酵母、斑马鱼、小鼠、果蝇、人等十种模式生物,能够为用户提供全方面的功能富集分析。